Además de sus programas culturales y de apoyo a la comunidad, la Fundación de Parques y Museos de Cozumel, tiene el compromiso social establecido por la conservación de los recursos naturales de la Isla, su conocimiento, difusión y valoración que, a través de la Dirección de Conservación y Educación Ambiental realiza de manera directa, por medio de programas sociales dirigidos a nuestra población; así como la instauración de proyectos de monitoreo e investigación sobre especies y ecosistemas prioritarios en nuestra comunidad.

La sustentabilidad, término que involucra la conservación del ambiente con el desarrollo de la comunidad y los medios de supervivencia, implica la responsabilidad de acercar a la sociedad al conocimiento del manejo adecuado de sus recursos, la importancia de la biodiversidad y sus características específicas.

La educación ambiental es una importante herramienta que nos permite la toma de decisiones para el desarrollo armónico de la actividad humana y su interacción con el medio ambiente.  Está transmisión de información se realiza a través del desarrollo de programas específicos de protección de los recursos naturales en los cuales se involucra a la comunidad, tanto en las actividades técnicas de campo, como en el conocimiento teórico de los aspectos relacionados.

Entre los programas de conservación que se realizan tenemos el de protección a la tortuga marina.  En la Reserva Ecológica Sujeta a Conservación de Flora y Fauna, Laguna Colombia, se tiene registrado el Campamento tortuguero Punta Sur, que consta de 8 kms. de playa para la anidación de los quelonios marinos.  En este programa se realizan actividades de campo para el marcado de nidos, seguimiento del proceso de incubación, liberación de crías eclosionadas y la introspección de cada nidada para el manejo de datos estadísticos.  Durante la temporada de anidación se acude a la Reserva, con grupos de estudiantes, los sábados por la noche para la observación del proceso, así como grupos de la comunidad en general para observar la emergencia de crías.

Programa de Conservación de Cocodrilos,  en esta actividad se hace la captura periódica de ejemplares para su marcado, toma de datos morfo-métricos y sexado, a fin de mantener un censo y observación de las condiciones poblacionales en la Reserva de Laguna Colombia.  Se efectúan liberaciones de ejemplares capturados en zonas de actividad humana, para su protección.

Se realizan actividades de conservación de aves anidadoras en la zona de Punta Sur a fin de tener datos que nos permitan analizar las condiciones del proceso reproductivo de éstas, así como su condición general en la ínsula, mediante el marcado de nidos para el seguimiento del proceso y la estimación del éxito reproductivo, o la observación de especies migratorias y sus actividades durante su paso por la Isla.  Se llevan a cabo talleres de observación de aves canoras o terrestres en las distintas zonas de la isla.

Existe una permanente actividad de manejo de fauna, tanto con reptiles (cocodrilos, boas, iguanas, etc), mamíferos (mapaches, coatíes, martuchas, etc), o bien aves, que son encontradas o capturadas y entregadas por personas de la comunidad a esta Dirección, para su control, manejo y liberación adecuados.

La Dirección de Conservación cuenta con programas educativos en los que se difunde a grupos de todos los niveles escolares de la comunidad el manejo de los residuos sólidos, manejo adecuado del agua, conocimiento de los diferentes ecosistemas de la isla y su interacción.